Solução: Windows foi reinstalado por cima (sem formatação) para organizar registro e eliminar referências inexistentes.
Sempre que programas são apagados do sistema operacional, ficam referências no registro e às vezes nos arquivos de inicialização, fazendo com que o sistema operacional não encontre aquilo que estava instalado e por isso emite mensagens de aviso ou erro. O caminho correto é desinstalar o software, pois o sistema irá remover também as referências do mesmo, dentro do sistema.
Neste caso a reinstalação do Windows resolveu o problema, mas dependendo do que é apagado talvez seja necessário formatar o reinstalar tudo novamente.
